Tres años después de que Tai y los otros derrotaran a Apocalymon un nuevo enemigo aparece para esclavizar a los digimón y gobernar el mundo digital. Su nombre es... ¡Digimon Emperador! Agumón trató de detenerlo pero por alguna razón la evolución fue sellada y parecía no haber esperanza. ¿El mundo digital será conquistado por el Digimon Emperador? ¡La batalla ha comenzado y los nuevos elegidos tienen que detener los planes del Digimon Emperador!

Davis y los otros salvaron el mundo digital y regresaron a la Tierra. Al ver la fascinación de Davis al haber ganado su primera batalla Yolei estaba enfadada por no haber ido al mundo digital con los demás. El otro día, Yolei, Cody y Davis, junto a Koushiro y Sora como guías fueron al mundo digital. Para Yolei parecía simplemente un viaje para un picnic y estaba muy entretenida. Pero el Digimon Emperador los estaba esperando y de repente comenzó a atacar... Davis fue derrotado y capturado por el Digimon Emperador. Cuando el único camino para Yolei era huir y dejar a Davis atrás ella finalmente entendió la cruel realidad del mundo digital. Podrá Yolei superar su miedo a la batalla y rescatar a Davis? Las aventuras de los nuevos elegidos sólo han comenzado...

Primero Davis, luego Yolei e Cody obtuvieron el poder para luchar contra el Digimon Emperador. Pero los compañeros de T.K. y Kari, Patamon y Gatomon tenían la habilidad de evolucionar sellada por el Digivice negro y no podían hacer nada para enfrentarse a él. Como si supiera que estaban débiles, el Digimon Emperador concentró sus ataques en Patamon y Gatomon. Ellos sólo podían correr para salvarse y dejar que los otros se enfrentaran al emperador de los Digimon. Los corazones de Kari y T.K. estaban llenos de desolación y desesperanza, pero cuando se vieron en una extraña cueva encontraron algo que les devolvería la luz y la esperanza... Encontraron a los digimetales de la esperanza y la luz..

Para poder salvar el mundo digital de la opresión del emperador los elegidos pelearon contra el Digimon Emperador. Pero, para quitarle esperanza a los elegidos el Digimon Emperador usó su Digivice negro y aros oscuros para controlar a los Digimon de las cercanías. Y otro pueblo fue conquistado por el Digimon Emperador, con su torre oscura y un ejército de Digimons que rodearon el pueblo. Los Digimon de este lugar no tuvieron opción más que obedecer las ordenes del Digimon Emperador. Sólo un Digimon observaba al Digimon Emperador buscando su punto débil... El compañero de Matt, Gabumon. Cuando el Digimon Emperador se retiró Gabumon planeó una evacuación para salvar a los Digimon que aún no estaban bajo el control del emperador. Pero lo que lo esperaba era el ataque de tortura de Red Veggiemon. ¿Podrá el mensaje de socorro de Gabumon llegar a los elegidos y a Matt?

En el mundo helado del Norte, un desconocido sonido rechinaba... El Digimon Emperador forzó a Gazimon a construirle una enorme prision. Cuando Gomamon se opuso al cruel plan, el emperador lo ataco sin piedad. Sintiendo que Gomamon estaba en peligro Joe dejó la escuela y fue al mundo digital. Al mismo tiempo Cody dejó su clase de Kendo para ir al mundo digital... Viendo a Joe, Cody se dará cuenta de lo que debe hacer para poder ayudarlo?

Usando como excusa un hermoso día sábado los elegidos van al mundo digital para un picnic, todos los miembros regulares junto a Mimi, quién acaba de regresar de América. Ellos quisieron descansar con un buen picnic al aire libre. Pero como nunca hay descanso fueron atacados por un poderoso enemigo, ¡el amor de los hermanos Gekimon contra la nueva combinación de Mimi y Yolei! ¿Una tormenta color rosa esta a punto de descender al mundo digital?

Los elegidos lucharon en la ciudad Metálica para liberar a sus habitantes del Digimon Emperador, pero mientras ellos trataban de escapar del ataque enemigo una explosión los alcanzo. ¡Kari y Gatomon fueron dejadas solas en el mundo digital!. Las dos batallaron en una forma espléndida en contra de los ataques de un ejército de Gardromon. Sintiéndose responsables por no poder proteger a Kari, Davis y T.K. deciden regresar al mundo digital para salvarla. ¡Pero cuando la encuentran un nuevo enemigo aparece ante ellos! Es su viejo amigo Andromon, quien esta siendo domindo por el Digimon Kazer gracias a un aro oscuro... ¡Bajo las ordenes del Digimon Emperador Andromon atacó a Kari! ¿El aro oscuro será capaz de quitarle todas las memorias a Andromon? ¡El grito de Kari se podía oir en toda la ciudad Metálica!

En un partido de futbol el equipo de Davis se enfrentaba al equipo del genio del cual todo el mundo hablaba, Ken Ichijouji. Cuando Davis detiene a Ken, con una barrida, previniendo que este pudiera anotar gol, ambos se dan la mano admitiendo la gran habilidad del otro pero... Luego del juego, una torre oscura apareció en el Valle de la muerte. ¡Cuando Davis y los otros fueron a investigar cayeron justo en la trampa del Digimon Emperador! Los amigos de Davis fueron tomados rehenes mientras que el Digimon Emperador se enfrentaba a Davis con una maniática sonrisa en su rostro. Pero por algun motivo la pierna derecha del Digimon Emperador estaba lastimada exactamente en el mismo lugar donde Davis habia lastimado a Ken... ¡¡La verdadera identidad del Digimon Emperador fue finalmente descubierta!!

La verdadera identidad del Digimon Kazier fue finalmente revelada, la cara que iba con él era la del niño genio Ken Ichijouji. Davis y los otros estaban en shock por esta revelación. Mientras tanto, Ken deja el mundo real para ser el Digimon Emperador a full time y poder aumentar sus esfuerzos para poder conquistar el mundo digital. Para poder controlar todo el mundo digital Ken fue a un Digimon en especial, quien habia tenido fama de ser el más poderoso de todos... ¡El Agumon compañero de Tai! Usando un aro oscuro Ken controló a Agumon y lo llenó de energia negativa, forzando la evolución a MetalGreymon, pero el mal era demasiado grande y se salió de control...

El poder del Digivice negro de Ken causó que Agumon evolucionara a SkullGreymon pero se le salió de control. Luego de destruir todo lo que estaba en su camino SkullGreymon perdió energias y regresó a ser Agumon. Agumon cayó en las manos del enemigo. El poder del Digimon perfeccionado era mucho más alto que el de sus Digimon, mucho más alto... La triste realidad de la guerra apareció otra vez en los corazones de los elegidos. En una segunda mision Tai se une al grupo para traer a Agumon a sus cabales pero, ¿será esto suficiente para que Agumon regrese a ser de los buenos?

La única forma de tener a Agumon de vuelta en el lado de los buenos es pelear con todas las fuerzas. La primera acción de Matt fue traer a Tai de nuevo a sus cabales y comenzaron a pelear con Dark MetalGreymon. Los elegidos pelearon contra Dark MetalGreymon con todas sus fuerzas, pero Davis no estaba con ellos, él estaba muy asustado por la posibilidad de lastimar a Agumon por lo que no le podía dar ordenes a Veemon quien lo único que podía hacer era correr, y encima Dark MetalGreymon decidió que lo mejor era perseguir a Veemon, Patamon trató de proteger a Veemon y... ¡El segundo digimetal fue revelado! Cuando Davis vió este acto de pura amistad un trueno azul corría por sus venas y una nueva evolucion aparecio ante sus ojos.

Sora recibió una llamada de auxilio de Biyomon y ella inmediatamente fue con Davis y los demás al mundo digital, pero lo que encontraron no era lo que esperaban... Un lugar que imitaba el mundo de los vaqueros fue lo que hallaron... lleno de humo y desolación. Había ordenes de arrestar a Biyomon si se le veia en el lugar. Luego de que los elegidos llegaran apareció Starmon quien se autonombra"oficial de la justicia". Luego llegó Deputymon quien se autonombró "El pistolero de la justicia" y las cosas se fueron al límite de la confusión. Ambos Digimon comenzaron a atacarse el uno al otro... no importa quien gane solo habrá problemas.

Imágenes mezcladas. El corazón de Kari fue poco a poco capturado por estas imágenes, que ella sabía no eran un sueño, pero tampoco la realidad. Ella se dio cuenta de que alguién la estaba tratando de contactar, alguién que la necesitaba. Ella tambien se dio cuenta que era un llamado que no podía resistir... ¿Qué es lo que le espera a Kari en un pueblo donde un antiguo dios invoca su sombra?

Yolei y los otros van al mundo digital buscando un DigiHuevo. Estaban muy cansados cuando afortunadamente encontraron un restaurante, pero pronto descubrieron que era el mismo restaurante que visitaron Joe y Matt hace tres años, ¡El restaurante de Digitamamon! Solo aceptaban dólares y obviamente los elegidos sólo tenían yens. Justo cuando él los estaba por hacer trabajar para pagar la comida llego Mimi y un nuevo elegido americano, ¡Michael! Y ellos arreglaron la situación rápidamente. Pero Yolei no confiaba en el Digimon que en un pasado trabajo para Myotismon... Sin embargo Mimi confiaba en el... ¿Podrá Yolei obtener el digimetal de la pureza?

Dos ninjas corren por la antigua Tokio... Ni las torres oscuras ni el Digimon Emperador importan en este duelo... Demostrando todo su orgullo como ninjas, ellos demuestran sus increibles técnicas a su oponente. ¡Ahora el combate comienza! ¡¡El rival de Shurimon, Igamon, hace su aparición!! Una heroica batalla ninja se presenta en el pueblo de pequeña Edo... ¿Podra Shurimon ganar este combate o...?

Siguiendo las señales de un digimetal, los elegidos llegan a una planta petrolera submarina. Sintiendo que el digimetal era suyo Cody comenzó a correr hacia la entrada de la vieja planta petrolera. Pero lo que le esperaba era... ¡MegaSeadramon! Los elegidos de alguna manera pudieron escapar del temible Digimon de nivel perfecto, pero fueron atrapados en la planta petrolera. El único que pudo escapar fue Cody luego por un pequeño tubo que lo condujo a un lugar seguro... tenía que conseguir ayuda, pero desafortunadamente Joe estaba en medio de una prueba, y para sacarlo de esta él debía mentir... Mentir para salvar a sus amigos o el saber que pudo haberlos ayudado y no quiso... Finalmente la decisión de Cody fue...

Había una marca roja en sus cuadernos... Agosto 1... El día de la conmemoración... debió haber sido un día normal... pero fue el comienzo del fin de lo normal, es el día donde muchas situaciones y aventuras comenzaron... El aniversario de los Digimon.

Las torres oscuras cubrían la tierra... Finalmente el Digimon Emperador está a punto de completar su plan maestro para dominar el mundo digital... Davis y los otros hacían planes para contraatacar. Con la ayuda de Tai y los otros, los elegidos pretendieron que iban de campamento cuando realmente planeaban quedarse toda la noche en el mundo digital... El corazón de Yolei estaba muy confundido con sus sentimientos sobre la venidera batalla... Cuando Hawkmon trató de defenderla de un ataque enemigo él fue envenenado y colapsó...

Kimeramon fue creado con los mas maléficos planes... Con la cabeza de Kabuterimon, el cabello de MetalGreymon, las piernas de Garurumon, la cola de Monochromon, las alas de Angemon y las manos de SkullGreymon, Kuwagamon y el candidato de las últimas manos ¡Devimon! Para que Kimeramon sea completamente maligno Ken acude a los poderes oscuros negados de Devimon... Conociendo mejor que nadie esos poderes T.K. decide que él será el que derrote a Ken y va en su búsqueda para derrotarlo.

Al final la bestia sintética Kimeramon se mostró a si mismo. Quemaba y destruía todo lo que se le pusiera enfrente, sin importarle nada de nada... ¡Tenía el poder para dejar el mundo digital hecho ruinas! Para detener a este nuevo enemigo Davis y los otros ayudados por Agumon y demás Digimones mayores fueron a la habitación de control... ¡Pero justo cuando estaban llegando Kimeramon apareció ante ellos! Mientras tanto Wormmon está preocupado por Ken ya que esta siendo absorbido por la oscuridad... La historia toma un giro inesperado...

Con el poder del digimetal dorado, Veemon pudo milagrosamente evolucionar en Magnamon. Con nuevos y radiantes poderes Magnamon se enfrentó a Kimeramon, pero la oscuridad de Kimeramon era lo suficientemente profunda como para absorber esa milagrosa luz... Luego de haber usado todo su poder, Magnamon fue acorralado... Quién lo salvo fue nada mas ni nada menos que... ¡¡¡Wormmon!!! Para poder salvar a Ken de los poderes de la oscuridad, y regresar a ser como realmente es, Wormmon atacó a Kimeramon, ¿Podrá él alcanzar el corazón de Ken?

Con la amenza del Digimon Emperador fuera del juego, la paz regresó al mundo digital. Las heridas que el Emperador dejó eran profundas, pero los Digimon eran optimistas sobre su arrepentimiento. Usando cada uno sus propias habilidades los elegidos ayudaron a reconstruir el mundo digital.... Pero había dos caras faltantes, ¿Dónde estaban Davis y Veemon? Ambos estaban muy deprimidos acerca de como T.K. y Patamon se llevaban tan bien con Kari y Gatomon. Asi que hicieron un plan para tratar de buscar la forma de verse realmente cool, su plan era... ¡llegar al nivel evolucionado! Con el único motivo de mejorar las opiniones de Kari y Gatomon sobre ellos comenzaron a entrenar para evolucionar en... ¿¡Ultra Angemon!?

Con la ayuda de Davis y los otros la paz habia regresado al mundo digital... mientras tanto Ken estaba... Ken dormía tranquilamente desde que regresó del mundo digital... Aunque sus padres lo llamaran el no respondía, estaba profundamente dormido. En su corazón memorias de cuando era mas joven aparecieron como burbujas y desaparecieron como tales. Su hermano genio mayor, de quién él estaba orgulloso... él era sólo la sombra de su hermano mayor... sus padres sólo pensaban en el genio de su hermano. Y cuando un dia aparecio el digivice él comenzó a buscar en su corazón a su verdadera personalidad. ¿Qué es lo que esperaba en ese lugar?

Aceptando su pasado Ken Ichijouji fue regresado a su forma real junto a Wormmon, pero luego, como tratando de quitar lo poco de paz que tenian una extraña mujer aparece frente a Ken y Wormmon... Mientras tanto, mientras Cody trataba de reconstruir el mundo digital, su odio hacia Ken crecía con cada minuto que pasaba. ¡Como si tratando de atacar mientras su corazón tenia la guardia baja Thunderballmon apareció y comenzó a atacarlo! Esta era la primera vez que Cody se enfrentaba a un Digimon que era maligno por naturaleza y no por tener un aro oscuro y él no sabía que hacer para enfrentarlo. Pero antes de que lo peor pasase un misterioso guerrero verde le salvo la vida... Un nuevo enemigo, diversas emociones, muchos misterios que resolver... ¡¡La verdadera batalla estaba a punto de comenzar!!

El misterioso Digimon que salvo a Cody es nada mas ni nada menos que la forma evolucionada de Wormon, ¡Stigmon!. Davis creia que el cambio en el corazón de Ken era real y hacía lo que podía por aceptar a Ken como un nuevo aliado... Pero la reacción de Yolei y los demás era diferente... Aún había una parte de su corazón que no podía creer en Ken. En ese momento recibieron un mensaje de socorro por parte del mundo digital, Golemon estaba atacando y destruyendo sin piedad el mundo de los Digimon... Yolei y los demas fueron al mundo digital para detener a Golemon, pero sus ataques sin corazón no le hacian el menor daño. ¡¡Para poder defender el pueblo ellos tenían que derrotar a Golemon como Ken había acabado con Thunderballmon!!

Los Digimon que Ken destruyó eran las torres oscuras que la extraña mujer habia transformado en Digimon. Ken otra vez se disculpó por sus acciones como el Digimon Emperador pero no aceptó la invitacion de Davis para unirse al grupo, por lo que él se fue por su propia cuenta. El quería reponer sus crimenes como el Digimon Emperador por si mismo... Ken, la misteriosa mujer que podía transformar las torres oscuras en Digimon... Los elegidos aún no podían decidirse que pensar exactamente, que sentir sobre la situacion... así que siguieron sin las respuestas que tanto anhelaban y continuaron con la reconstruccion del mundo digital... pero otro peligro se acercaba, la energia de la oscuridad se estaba concentrando en proporciones enormes y pronto causaría una tremenda explosión...Y la cresta de la compasión era necesaria para poder detenerla... Asi que Davis le mandó un e-mail a Ken... pero este nunca fue contestado... La confianza de los elegidos hacia Ken disminuía minuto a minuto, pero Davis creía en él, ¿Podrá Ken demostrarle a Davis que no está equivocado? Cuando dos corazones son como uno... habrá una evolucion milagrosa...

Para poder redimirse de sus pecados, Ken se preparó para la muerte en una batalla suicida... Fue el grito de Davis "¡¡Vive!!" lo que lo detuvo. Para si mismo, para los que lo querian y para poder redimirse de sus pecados Ken decidió vivir y enfrentar su pasado, en ese momento, cuando los corazones de Davis y Ken eran como uno solo ExVeemon y Singmon jogress evolucionaron, ¡y el guerrero perfeccionado Paildramon nació! Con Ookuwamon como su oponente Paildramon demostró ser increiblemente fuerte... Para poder detener los crecientes poderes de la oscuridad los elegidos se apresuraron hacia el centro de la explosión... ¿Podrán salvar al mundo digital esta vez?... ¿Y cuál es el gran secreto oculto tras todo el asunto?

Las acciones de Paildramon salvaron al mundo digital de la crisis... Habiendo obtenido el poder de A.D.N. Digievolucionar Davis y su equipo estaban emocionados y llenos de energias. Pero ellos no sabian que la mujer misteriosa les estaba preparando una terrible trampa... Recibieron una invitacion por parte de la extraña mujer asi que Davis y los otros llegaron a una mansión un tanto bizarra, todo era por lo menos diez veces el tamaño normal. Alli encontraron a Ken quien tambien había recibido un e-mail similar. Para poder acabar de una vez por todas con la mujer misteriosa Davis y Ken decidieron explorar la mansion aún sabiendo el peligro que los esperaba. Cansado de que lo trataran como a un niño pequeño Cody los siguió dentro de la mansión... Una armada de Gokimon atacó a los tres muchachos... Al mismo tiempo una armada de Flymon atacó al grupo de T.K. que esperaba fuera de la mansión... ¿Podrán salvarse esta vez?

Teniendo el poder de controlar Digimon insectos a su gusto la misteriosa mujer atacó a los elegidos... ¡Peor aún los Digimon fueron controlados y comenzaron a atacar a ExVeemon! Cody estaba en shock al ver a su Digimon compañero batallar del lado enemigo, pero ni sus gritos de desesperación pudieron hacer regresar a los Digimon a sus cabales... Separados de sus Digimon, Davis y los otros fueron atrapados por la tela de araña y tenian los venenosos colmillos de Dokugumon cada vez más cerca... ¿Sobrevivirán en esta ocasión? ¿Podrá el programa de Yolei regresar a los Digimon a su estado original?

Con una increible demostración de cooperación los elegidos finalmente derrotaron a Arukenimon, pero aún la relación entre Ken e Cody no iba muy bien que digamos ya que Cody no podía perdonar a Ken por ser el Digimon Emperador. Temeroso de que por su culpa el trabajo en equipo se fuera por la borda Ken trató de separarse del grupo. Davis y Yolei trataron con sus mejores esfuerzos parar la furia de Cody, pero no funcionó... Mientras tanto una furiosa y derrotada Arukenimon en un último intento por acabar con los elegidos unió el poder de todas las torres oscuras en el Digimon de la oscuridad... su nombre... ¡Black WarGreymon! ¡El gran guerrero que salvó el mundo digital en el pasado ahora era el más terrible enemigo al que se pudieran enfrentar!

Los Niños Elegidos fueron derrotados. Su poder no podía compararse al de BlackWarGreymon. Para animar el espíritu, deciden buscar el Anillo Sagrado de Gatomon, con el que su poder se incrementará. Kari y Yolei se separan para buscarlo, y se encuentran con Ken, que se les une.Y en el camino entran en otra dimensión, donde sienten a la oscuridad. ¿Qué va a hacer Yolei y qué es esa oscuridad que Ken y Kari sienten? ¿Valdrá esto para que Ken vuelva al grupo?

Como Davis y Ken, Yolei y Kari consiguieron hacer que Gatomon y Acquillamon A.D.N.-digievolucionasen. Mientras, BlackWarGreymon se pasea por el DigiMundo sintiéndose solo. ¿Po qué fue creado? Entendiendo que era solo una cosa, su duda creció y comenzó una batalla tras otra. Pero Agumon apareció delante de él, intentando que abriese su corazón. ¿Valdrá esto para BlackWarGreymon? ¿Que es la Piedra del Destino que puede ser la llave al destino del DigiMundo?

Divirtiéndose en su libertad por primera vez en estos meses, Yolei deja a Poromon con Izzy y se va de excursión con el colegio a Kyoto. Empieza a divertirse y deja de pensar en luchas y en su misión. Pero, una sombra de BlackWarGreymon aparece. Sin entenderlo, Yolei le sigue. ¿Por qué no está el malvado Digimon en el DigiMundo? ¿Qué hace aquí?

BlackWarGreymon continua destruyendo Piedras del Destino, sin saber el porqué. En el momento de destruir la tercera, un Digimon desconocido aparece en otra dimensión. Para restablecer el balance del DigiMundo, los Niños Elegidos intentan llegar a la siguiente piedra antes que BlackWarGreymon la encuentre. Mientras, Gabumon dice a BlackWarGreymon que tiene un corazón, lo que choca a Cody. T.K. le dice que cualuier Digimon oscuro debe ser destruido. ¿Qué hará T.K.? ¿Qué le pasará a la siguiente Piedra?

BlackWarGreymon continúa destruyendo Piedras del Destino. Hasta MagnaAngemon falla. Para pensar, deciden reunirse en casa de Davis, excepto T.K. La diferencia entre el T.K. gentil y al que no le gusta la oscuridad confunde a Cody. Para resolver sus dudas, visita a Matt, que le cuenta el pasado de T.K. ¿Por qué actúa T.K. así? ¿Podrá Cody entenderle? Y lo más impotante, ¿qué planea BlackWarGreymon?

Ignorando a Cody, BlackWarGreymon destruye otra Piedra del Destino. Con una sola en pie, la batalla por el DigiMundo acaba de empezar. Siguiendo a BlackWarGreymon, llegan al Barrrio Chino. Por el olor, van a un restaurante. Pero encuentran a Arukenimon y a Mummymon, y comienza la lucha. ¿Conseguirá esta sopa hacer que A.D.N.-digievolucionen estos Digimon? ¿Qué busca BlackWarGreymon?

BlackWarGreymon intenta destruir la última piedra, pero las 3 fusiones, Paildramon, Sylphimon y Shakkoumon le detienen. Cuando le vencen, BlackWarGreymon solo piensa en seguir luchando. Los Niños Elegidos son sobrepasados. Y además, Arukenimon está causando problemas. ¿Salvarán la última Piedra? ¿Quién es el misterioso Digimon que BlackWarGreymon busca?

Gracias a Azulongmon, el DigiMundo vuelve a estar en paz. Los Niños Elegiso entienden que ahora deben destruir Torres de Oscuridad. Ken, gracias a Wormmon, invita a todos a una fiesta de Navidad, y todos aceptan. Odaiba está con es espíritu navideño. En Nochebuena, 24 de Diciembre, los Niños Elegido abren la Puerta al DigiMundo. Quieren agradecer a Tai y los otros su ayuda. ¿Cuál es su regalo? ¿Por qué están invadiendo los Digimon el mundo real?

Nochebuena se ha convertido en un súbito alarido. Como hace 3 años, los Digimon están en Odaiba. Davis y los otros finalmente deciden enviar los Digimon al DigiMundo. Pero, cuando despiertan, encuentran que la TV está llena de imágenes de todo el mundo con Digimon. ¡Los Digimon atacaban todo el mundo! Después de esto, Davis corre a casa de Ken, donde Izzy planea un contrataque. ¿Podrán sobrevivir y salvar el mundo?

Torres de Oscuridad aparecen por el mudno. Los Niños Elegidos vuelan en Imperialdramon. Comienzan a encontrar amigos por todo el mundo para salvar la crisis mundial. En Nueva York, encuentran a Mimi y Michael y Davis ayuda en la tarea de llevar los Digimon al Central Park. En Hong Kong, Kari e Izzy ayudan a los Niños Elegidos locales. ¿Podrá conseguirlo Davis? ¿Conseguirá Izzy hacerse entenderse?

En Nueva York y Hong Kong, los Digimon fueron devueltos. En medio del calor del verano australiano, Cody y Joe trabajan destruyendo Torres de Oscuridad rápidamente. Mientras, en Francia, T.K. y Tai esperan al abuelo de T.K. Cuando finalmente llegan, es relamente un hombre con una moto, y mejor aún, un sidecar. En el Palacio de Versalles, los 3 hermanos Mamemon (Mamemon, BigMamemon y MetalMamemon) han hecho un duelo en el agua. ¿Quién ganará?

Casi todos los Digimon han sido devueltos al DigiMundo. Solo México y Rusia faltan y Ken y Matt están en las ruinas mayas, donde encuentran una chica y su Gotsumon, con quien Ken empieza a sentirse protectivo. Yolei y Sora están en Rusia con los Niños Elegidos de allí, pero no pueden comunicarse por la barrera del lenguaje. ¿Qué planea Yolei? ¿Con una niña pequeña en medio del plan, que pasará después?

Los Niños Elegidos vuelven a Japón después de devolver los Digimon, pero se encuentran con un Japón en caos. Uno por uno, los niños de Tokyo estaban desapareciendo. Ken sentía una fuerza maligna. Y como respuesta de su intuición, Digimon malvados liderados por Daemon invadieron el mudno real. Con miedo a la oscuridad, Ken se une a Davis para rescatar a todos. Pero hasta Imperialdramon falla. ¿Conseguirán Ken y Davis salvar a esta gente? ¿Qué esconde Ken?

Los esbirros de Daemon atacaron la pacífica ciudad. Imperialdramon tuvo que cambiar a Modo Guerrero para conseguir su misión, aún destruyendo un Digimon, lo que hizo que los Niños Elegidos decayeran. Cuando parecía que no podía ir peor, Arukenimon apareció demandando a Ken que fuese con ella. Intentando salvarlo, lo siguieron. También detrás de Ken, los esbirros de Daemon los destruyeron todo. Sylphimon y Shakkoumon intentaron pararles para salvar vidas. ¿Conseguirá LadyDevimon hacer que los Niños Elegidos fallen?

Esperando salvar a su compañero y amigo, Davis siguió al camión que llevaba a Ken el Raidramon. Pero Daemon apareció delante de él. Arukenimon estaba haciendo una copia de la hierba oscura de Ken y le daba el cuerpo a Daemon. Davis lo intentó, pero Daemon era demasiado poderoso. Yolei y Cody se unieron, pero ni Imperialdramon podía compararse al Digimon oscuro. Solo había una opción... ¡sellar a Daemon en el océano oscuro! Para salvar a todos, Ken intentó abrir la puerta al océano. ¿Podrá Ken sobrepasar su miedo a la oscuridad?

Los deseos de Davis abrieron la puerta y Demon fue sellado en el mundo de la oscuridad. Pero la hierba oscura había sido transplantada a los niños. Las preocupadas caras de sus padres cambiaron, y se alegraron de ver a sus hijos, que ahora eran genios. Intentaron contactar con sus padres, pero no les creían. Y Agumon contacta con Davis para decir que BlackWarGreymon había regresado. BlackWarGreymon busca en Oikawa su propósito. Pero Agumon lo bloquea. Después de todo, solo el tiene la información de la hierba oscura. Ahora es WarGreymon vs. BlackWarGreymon. ¿Conocerá por fin BlackWarGreymon el misterio de su nacimiento?

Oikawa piensa y recuerda el padre de Cody. El crecimiento de la hierba oscura empieza. Pronto florecerá. Oikawa absorbe le energía y obtiene poderes oscuros. ¿Qué pasa? ¿Cuál es la verdad del pasado de Cody?

Oikawa finalmente obtiene el poder de la oscuridad. Con la esperanza de BlackWarGreymon, la poderosa puerta puerta oscura se activa, sellando el DigiMundo. Los niños con la hierba oscura van al paque de Hikarigaoka. Oikawa iba a hacer realidad su sueño de viajar al DigiMundo con el poder de la oscuridad. Davis intenta devolver a los demás niños. En presencia de Davis, la puerta que debería estar cerrrada por BlackWarGreymon, se abrió (pero la de otro mundo, ya que Oikawa puso a Agumon en vez de Gomamon como debería). Allí, Oikawa empieza a entenderse. Los misterios son revelados. El verdadero enemigo se encuentra frente a Davis. ¿Qué es esa fuerza oscura? ¿Puede algo pararlo?

Al final, el último enemigo apareció. Un horrible horror les sobrepasó y les hiela. Solo Davis se enfrenta a MaloMyotismon. El valor de Davis hace que continúe luchando, aún sin esperanzas. Esto hace que los Digimon sean capaces al fin de hacerle daño. Pero MaloMyotismon hace un extraño ataque y son capturados. Los Niños Elegidos se encuentran en sus mentes, pensamientos y sueños. ¿Perderán el coraje para luchar? Un milagro no ha sido visto aún. El corazón de Davis se desepera. ¡Es la última y definitiva batalla! Y todas las esperanzas en un puñado de niños... ¿Sobreviviremos?

Los Niños Elegidos del mundo reunen sus fuerzas un conectan la luz de sus dispositivos. Tai y los demás Niños Elegidos mayores llevan a una niña al ese mudno. Allí, gracias a los sueños de los niños con la hierba oscura, que se hacen realidad, Imperialdramon es capaz de utilizar un último ataque, el Láser Positrónico, para vencer a MaloMyotismon. Prto Oikawa no se recupera. Su nuevo Digimon, Titirimon, no puede verle. Se convierte en un cuidador de DigiMundo. Y todos los niños vuelven a casa con sus Digimon. ¿Pero está realmente seguro el DigiMundo?